1、組成不同：自然村是由村民經過長時間聚居而自然形成的村落。行政村是鄉政府管理的一個村級行政單位，一般由一個大一些或幾個小一些的自然村組成。
2、隸屬關係不同：自然村隸屬於行政村。自然村受行政村村委會和村黨支部的管理和領導。
3、管理不同：行政村的管理實行的是村民自主管理，權利在於村民委員會。而自然村不存在村民委員會。
