发酵罐的灭菌温度一般在121℃以上，常见的有自动控温的高压灭菌釜。此温度可有效地杀灭绝大部分常见的微生物和病毒，保证发酵罐内部的卫生状况。在灭菌之后，需要注意让发酵罐内部温度逐渐降低，避免对生物体的影响。
