藿香正气水一般不与其他药物产生明显的相克作用。然而，藿香正气水内含有乙醚、氨酮等成分，与其他中枢神经系统抑制药物以及阿司匹林等药物同时使用可能会增加其副作用或相互作用。另外，如果正在服用其他药物，最好在使用藿香正气水之前咨询医生或药师的建议，避免可能的相互作用。
